Pierwszym z nich z całą pewnością jest kontemplacja. Pomimo tego, że bazylika położona jest w centrum rozpędzonego miasta (pomiędzy urzędami, u styku głównych arterii miasta, w otoczeniu licznych sklepów, szkół i galerii, w niedalekiej odległości od rynku oraz dworców autobusowego i kolejowego) i wydaje się być obiektem niepasującym do tak różnorodnej aglomeracji jak Rzeszów, była i jest miejscem, w którym panuje półmrok i cisza. W świecie ogromnego hałasu i huku, sanktuarium (z całą harmonią jej architektury) stanowi oazę, w której można odnaleźć pokój i ciszę wewnętrzną, która płynie z relacji z Jezusem.

Okazją do tego jest zwłaszcza całodzienna adoracja Najświętszego Sakramentu, która trwa w kościele nieprzerwanie od 4 marca 1962 r.

Bardzo ważnym elementem tworzącym duchowy mikroklimat sanktuarium jest spowiedź. Nasz kościół nazywany jest czasem (zarówno przez pasterzy Diecezji Rzeszowskiej, jak i wiernych) „konfesjonałem miasta”, gdyż przyciąga wiele osób pragnących doświadczyć Bożego miłosierdzia. Spowiedź jest niezastąpioną przestrzenią, w której człowiek może doświadczyć pokoju i przebaczenia przez posługę Kościoła. Symboliczne jest to, że świątynia została zbudowana w miejscu, w którym istniał ogród Jakuba Ado – może stać się przestrzenią duchowego powrotu do Ogrodu Eden, gdzie człowiek cieszył się przyjaźnią i jednością z Bogiem i z drugim człowiekiem.

Sakrament pokuty sprawowany jest zasadniczo w zamkniętych konfesjonałach znajdujących się w Kaplicy św. Jana Pawła II.

Historia objawienia sprzed pięciu wieków oraz słynąca łaskami figura Matki Bożej Rzeszowskiej przypominają o maryjności sanktuarium. Ta świątynia jest miejscem łaski, o czym Ona sama powiedziała Jakubowi Ado: Pragnę tu chwałę Syna mojego widzieć i pociechę dać utrapionym. Jej cicha obecność w tym miejscu tworzy klimat ciepła domowego ogniska, w którym każdy powinien czuć się kochanym i przyjętym.

Maryja w znaku gotyckiej figurki cieszy się wielką czcią wiernych. Umieszczona jest na niej jedna z wotywnych sukienek (jest ich około dziesięciu). Każdego dnia posługa w sanktuarium rozpoczyna się od uroczystego odsłonięcia figury oraz Mszy przy ołtarzu Jej poświęconym. Wieczorem zaś celebrowane jest nabożeństwo maryjne o godzinie 17:30, a po wieczornej Eucharystii następuje zasłonięcie cudownego wizerunku.

Wreszcie, istotnym elementem tworzącym duchowe tło sanktuarium jest jego franciszkański charyzmat, który zawiera się w zaproszeniu do pokory, bliskości i otwartości. W doświadczeniu świętego Franciszka niezwykle ważne było szukanie nie tego, co wielkie, ale tego, co proste, ciche i ubogie. Wyrażało się to w jego dyspozycyjności i bliskości.

Ta cecha wyraża się przede wszystkim przez to, że kościół jest otwarty i dostępny przez cały dzień bez przerwy – po to, by i na nas mogły spełniać się słowa, które wypowiedziała Maryja: „Nie bój się, Jakubie! Nie trwóż się niczym! A podejdź jeszcze bliżej!”. A w konsekwencji: żebyśmy nauczyli się tę miłość nie tylko od Maryi przyjmować, ale okazywać tym, z którymi żyjemy.